Ο Χριστόφορος Μηλιώνης γεννήθηκε στο Περιστέρι Πωγωνίου του νομού Ιωαννίνων. Φοίτησε στη Ζωσιμαία Σχολή και σπούδασε φιλολογία στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Υπηρέτησε στη μέση εκπαίδευση, στην Ελλάδα και την Κύπρο, ως καθηγητής, γυμνασιάρχης και σχολικός σύμβουλος. Υπήρξε μέλος της ομάδας εργασίας που συνέταξε τα "Κείμενα Νεοελληνικής Λογοτεχνίας" Γυμνασίου/Λυκείου, και μέλος των συντακτικών ομάδων των περιοδικών των Ιωαννίνων "Ενδοχώρα" και "Δοκιμασία". Στα γράμματα εμφανίστηκε το 1954, με διήγημά του, στο περιοδικό "Ηπειρωτική Εστία".

Έγραψε επίσης φιλολογικές μελέτες, δοκίμια και μετέφρασε κείμενα από τα αρχαία ελληνικά. Αρκετά άρθρα του δημοσιεύτηκαν στη "Φιλολογική Καθημερινή" και αργότερα στα "Νέα". Για το έργο του τιμήθηκε με το Κρατικό Βραβείο Διηγήματος (1986), με το Βραβείο Διηγήματος του περιοδικού "Διαβάζω" (2000) και με το Βραβείο Διηγήματος του Ιδρύματος Ουράνη της Ακαδημίας Αθηνών (2005).

Ιδρυτικό μέλος της Εταιρείας Συγγραφέων, ήταν σύζυγος της καθηγήτριας της Γαλλικής Φιλολογίας Τατιάνας Τσαλίκη-Μηλιώνη. Έφυγε από τη ζωή στην Αθήνα στις 5 Ιανουαρίου 2017, σε ηλικία 84 ετών.