Nació en Bogotá el 13 de julio de 1961 y bautizado como Mauricio Enrique, fue el tercer y último hijo de Susie Linares, nacida en 1935, profesora de colegio ya retirada, y de Germán Vargas Cantillo, nacido en 1919, fallecido en 1991 y quien fuera un respetado escritor y periodista, miembro del llamado Grupo de Barranquilla, núcleo bohemio del que surgieron figuras como Gabriel García Márquez en la literatura y Alejandro Obregón en la pintura. La niñez de Vargas transcurrió entonces entre libros y una gran riqueza intelectual por cuenta de los personajes que frecuentaban su casa, riqueza que sin embargo contrastaba con la estrechez económica de la familia.

Mauricio Vargas cursó primaria y los 3 primeros años del bachillerato en el Liceo Francés Louis Pasteur de Bogotá, prestigioso plantel de la capital del que Vargas recibió toda su formación cartesiana y racionalista, contra la cual se rebeló hacia los 14 años, cuando en compañía de otros estudiantes lideró una huelga que paralizó por varios días al Liceo en diciembre de 1975. En junio del 76, cuando culminó el año lectivo, el colegio se negó a admitir a Vargas para el curso de 4o. de bachillerato, argumentando que “la actitud general” de este alumno no concordaba con “el espíritu del Liceo”. Todo ello a pesar de que Vargas había recibido en varias ocasiones el Prix d’ Excelence, título reservado al mejor estudiante del curso a lo largo de todo un año.

Vargas concluyó su bachillerato en el Colegio Refous, otro conocido colegio bogotano regentado con mano de hierro pero espíritu librepensador por un pedagogo suizo, Roland Jeangros. El Refous se ha distinguido por décadas como el más avanzado centro educativo en materia de matemáticas, cuyas tendencias pedagógicas más modernas trajo a Colombia a fines de los sesenta, años antes de que otros planteles supieran qué era la teoría de conjuntos. De esos últimos tres años de bachillerato, Vargas no sólo conserva los mejores recuerdos sino sus dos mejores amigos, Camilo Echandía y Ricardo Amaya.

En 1979, durante las vacaciones de la mitad de su último año de bachillerato, Vargas viajó -como todas las vacaciones- a la ciudad de su familia, Barranquilla. Llevaba, entre otros encargos, el de entregar algunos libros que su padre le enviaba al director del periódico El Heraldo, primer diario de la costa caribe colombiana y cuarto del país en materia de circulación. Cuando hacía antesala para saludar al director del matutino, el exministro Juan B. Fernández, éste le preguntó si había leído ya la edición de esa mañana y qué tema le había llamado la atención. Vargas respondió que se había sentido atraído por una huelga estudiantil en la Escuela de Bellas Artes de la ciudad. Sin darle tiempo a pensarlo, Fernández, quien había tenido ocasión de conocer y publicar un par de años antes en El Heraldo un trabajo escolar de Vargas sobre una conocida novela colombiana, ‘La Casa Grande’, de Alvaro Cepeda Samudio, le ordenó a la asistente de dirección del diario que encargara al joven estudiante del cubrimiento de esa noticia. Vargas no lo pensó dos veces. Fue su primer día de labores como reportero: escribió una crónica con base en la cual siguió por varios días a cargo del tema que sólo abandonó cuando terminaron sus vacaciones y debió regresar a Bogotá. Faltaban aún seis meses para que obtuviera su grado de bachiller, pero el joven ya tenía claro que quería ser, como su padre, periodista.

Terminado el bachillerato creyó que era más útil continuar su formación en la redacción de El Heraldo en Barranquilla, que ir a la facultad de periodismo. De ese modo, a principios de 1980 se convirtió en reportero de planta de El Heraldo y meses después, en desarrollo de un sueño de la infancia, partió de gira por Centroamérica con el apoyo del periódico y de su familia. Fueron cinco meses de recorrido con un morral a las espaldas. Tuvo ocasión, con escasos 19 años, de entrevistar a los presidentes de Panamá, Aristides Royo, y de Costa Rica, Rodrigo Car