Som stor knægt forelsker Niels Lyhne, der er opvokset i et stærkt religiøst miljø på en vestjysk herregård, sig lidenskabeligt i en smuk ung slægtning. Da denne dør på trods af Niels' indtrængende bønner til Gud om at lade hende leve, lider hans tro et afgørende knæk.

Under studietiden i København kommer Niels Lyhne ind i et kunstnermiljø, hvor bl.a. mødet med den frisindede enke Tema Boye får hans livssyn til at udvikle sig yderligere i radikal og ateistisk retning.

J. P. Jacobsen (1847-85) debuterede i 1872 med novellen Mogens. I sin levetid nåede han kun at udsende de to nuværende klassiske romaner Fru Marie Grubbe (1876) og Niels Lyhne (1880).