Dengan berat hati, Yugi merelakan Millenium Puzzle miliknya dipinjam sehari oleh Tuan Kanekura untuk dipamerkan.
Tetapi, ketika Yugi berniat mengambilnya kembali, seorang Mesir yang misterius memberikan Millenium Puzzle itu.

Keesokan paginya, beredar kabar bahwa Tuan Kanekura ditemukan tewas di ruang kerjanya.
Mungkinkah kematiannya ada hubungannya dengan orang Mesir misterius itu?
Dan, kenapa dia juga memiliki benda-benda peninggalan 1.000 tahun dari Mesir?
Bahkan bisa juga melakukan "game of darkness"!