Alors que Rubis se remet progressivement de l'affrontement qui l'a opposé à son père, Saphir continue son tour des Arènes de la région de Hoenn. Arrivée à Vermilava, elle est victime d'un piège tendu par la machiavélique Team Aqua. Cette dernière est décidée à faire taire la jeune fille, témoin gênant de leur plan pour la domination de Hoenn.