Pierre Bayard, détective de haut vol, s'ennuie ferme depuis qu'il n'a plus le droit d'exercer ses talents d'enquêteur. Quand un matin, un mystérieux appel à l'aide à propos d'un secret dissimulé dans le Petit Prince d'Antoine de Saint-Exupéry vient bousculer sa routine. Mais lorsque son contact disparaît, semant de drôles d'indices sur son passage, Pierre Bayard ne peut résister - malgré l'interdiction formelle pour lui de pratiquer. Flanqués de son ingénieux voisin de 12 ans, Minuit-Pile, et de la meilleure amie de celui-ci, la fringante Bas-de-Casse, Pierre Bayard et sa fidèle associée Édith se lancent dans l'enquête, tout en essayant d'échapper à la surveillance de la redoutable Élise Mieux, présidente de l'institution ayant interdit à Bayard d'exercer. Quel mystère peut bien receler Le Petit Prince pour déclencher une disparition, voire même, peut-être, un enlèvement ?