Deux ans après l’accident nucléaire de Fukushima, les orphelins Akiko et Otani vivent avec leur grand-mère Obasan dans un camp de réfugiés. Lorsque cette dernière meurt et qu’un oncle éloigné surgit pour les ramener à Tokyo, Otani convainc sa sœur de fuguer pour déposer les cendres de leur grand-mère au pied de l’autel familial situé à Tomioka, en plein coeur de la zone interdite. Otani, enfant réservé qui ne communique qu’avec des Yokais – créatures surnaturelles et malicieuses – et Akiko, la petite blogueuse beauté, se lancent alors dans une quête initiatique et dangereuse.