رمان « نقش پنهان » اولین بار در سال ۱۳۷۰ منتشر شد اما آنچنان که باید مجال نیافت تا مورد توجه منتقدان قرار گیرد. محمدعلی در سال ۱۳۸۰ این رمان را با اندکی ویرایش دوباره منتشر کرد و این بار آرا و نظرات گوناگون را برانگیخت. رمان نقش پنهان نام یکی از داستان‌های کوتاه محمدعلی را بر خود دارد که در دنیای سخن چاپ شد و بعدها به «خورشیدهای سنگی» تغییر نام داد. این رمان نگاهی گذرا به تاریخ معاصر کشورمان است که در برگیرنده سال های پایانی حکومت پهلوی، وقوع انقلاب و آغاز جنگ است.
در « نقش پنهان » پدر راوی به قتل می رسد؛ قاتل مشخص است و تمامی شواهد لازم نیز موجود، اما دادگاه به دلایلی از صدور حکم سر باز می‌زند. راوی نیز در این میان در باورهای پیشین خویش دچار شک و تردید می‌شود، درصدد کشف حقایق و روابط پنهان برمی‌آید و خواننده را نیز همراه با خویش با تعلیق حاضر در ساختار داستان درگیر می‌سازد. روایت محمد محمدعلی در « نقش پنهان » شرحی بر تمامی این عدم قطعیت ها است.