第三次聖杯戦争の折に冬木の地から失われた大聖杯「第七百二十六号聖杯」がルーマニアで発見されたことから物語は始まる。大聖杯を奪い、隠匿していたユグドミレニア家はその聖杯をシンボルに掲げ、魔術協会からの離反を宣言する。それを討伐すべく派遣された魔術協会の部隊はユグドミレニアのサーヴァントに壊滅させられてしまうが、最後の生き残りが大聖杯の予備システムの起動に成功。これにより本来の7騎に加えて更に7騎、計14騎ものサーヴァントを召喚することが可能になった。ユグドミレニアの7騎のサーヴァントに対抗すべく、魔術協会側の魔術師もまたサーヴァントを召喚する。

こうして、大聖杯を奪ったユグドミレニア家の魔術師たちである「黒」の陣営と、ユグドミレニア家の討伐のために魔術協会に雇われた魔術師の集まりである「赤」の陣営、二つの勢力によって舞台となる街トゥリファスにて7対7の「聖杯大戦」が開始された。